Определяющим годом создания системы управления санитарно-эпидемиологической службы Амурской области является 1949 г., когда решением №236 от 7 апреля 1949 года Исполнительного комитета Амурского областного Совета депутатов трудящихся «Об организации областной санитарно-эпидемиологической станции» была образована Амурская областная санитарно-эпидемиологическая станция.

Этим же документом Амурского облисполкома утверждаются организационная структура учреждения и штаты областной СЭС. Первым главным врачом вновь образованного учреждения была назначена  Любовь Ивановна Меньшикова.

С 1950 по 1957 год областной санэпидстанцией руководил Николай Яковлевич Катюхин, затем исполняли обязанности главного врача Клавдия Гавриловна Захрялова и Павел Тихонович Мороз. С 1959 г. на протяжении 13 лет областной санэпидстанцией руководила Галина Георгиевна Зонова, с 1973 по 1982 годы главным врачом работал Валерий Александрович Мерекин, в 1982 по 1986 годы — Валерий Андреевич Пивоваров, с 1987 года по 2013 год  – Владимир Томович Смирнов.

В настоящее время руководит Управлением Роспотребнадзора по Амурской области Ольга Петровна Курганова, назначенная на должность в 2013 году.